Nakon što je tzv. JNA napala južno krilo Operativne grupe Vukovar-Vinkovci-Županja, bilo je jasno da za okruženi Vukovar više nije bilo nade. Istovremeno sa napadnom operacijom na južnom dijelu Istočnoslavonskog bojišta tzv. JNA je u Vukovaru pokrenula završnu operaciju osvajanja Vukovara, za što je trebalo izvršiti odsijecanje starog Vukovara od Mitnice.
Tzv. JNA sa srpskim paravojnim postrojbama je u srpnju i rujnu 1991. pokušala tri puta uči na Mitnicu preko Dunava i zauzeti taj dio grada, tijekom cijele opsade Vukovara u više navrata su pokušali probiti obranu ali nisu uspjeli, tek 16. studenog 1991. g ulaze u naselje glavnom cestom odakle dva sata granatiraju položaje branitelja, i u večernjim satima po završetku granatiranja, hrvatski vojnici kreću u protunapad i pred jutro, 17. studenog 1991. g agresor se povlači prema Vučedolu. Do pada Vukovara, takav napad na Mitnici više nije pokušan. Bilo je to područje na kojemu je poginulo više civila nego branitelja.
Branitelji su do zadnjeg dana držali taj dio grada, a o predaji Mitnice razgovarat će se na Vučedolu sa zapovjednikom tzv. JNA. Nakon sloma obrane Vukovara, 18. studenoga 1991. godine, oko podneva, na salašu Goldschmidt održani su pregovori o predaji Mitnice, 183 branitelja su se predala da bi spasili 5000 civila. Branitelji sa Mitnice – njih 183 prošli su kao vojni zarobljenici torturu, zlostavljanje, „batine“ i sve logore u Srbiji, u kojima su 4 branitelja ubijena, a ostali su razmijenjeni u Nemetinu 14. kolovoza 1992. godine, u velikoj razmjeni zarobljenika srpskih koncentracijskih logora.
Tog 17. studenoga 1991. g jurišni odred tzv. JNA i srpskih paravojnih postrojbi ušao je u središte Vukovara. Borovo naselje je već nekoliko dana bilo odvojeno od Vukovara, a branitelji su još na Mitnici i nekoliko obrambenih točaka pružali otpor.
S prvim minutama 17.studenog 1991. iz Vukovara u Vinkovce je poslana dramatična poruka Branka Borkovića-Mladog Jastreba, citiram: „Ostao sam bez ljudi i municije. Preostali borci kod sebe imaju manje od 16/k metaka. Bez bombi, tromblona i protuoklopnih sredstava. Granata za minobacače i topove nemamo već dugo. Ako nas napadnu, više ne možemo izdržati. Dosta boraca je pobjeglo i nalazi se u Vinkovcima. Ako se probijemo, nastat će pokolj civila, a ako ostanemo svi ćemo izginuti i rezultat je isti - pokolj. Ukoliko odmah ne poduzmete nešto konkretno sutra nas čeka pokolj. Jedini izlazi je vojna akcija i to odmah. Bez odlaganja i svim snagama. Molim hitno odgovorite na ovu poruku!“.
Jedini odgovor na apel koji je upućen dobiven je od strane načelnika Glavnog stožera, generala Antona Tusa, koji je glasio, citiram: „Nije mi prihvatljivo da vojska napušta grad i da netko može potpisati predaju Vukovara.“ Zapovjedništvo Operativne grupe Vinkovci u prvim satima 17. studenoga 1991. izvještava vojni vrh da grad napuštaju branitelji skupa s Brankom Borkovićem.
Prema izjavi Borkovića u nekoliko intervjua, stanje 16. studenog, kada je tzv. JNA zauzela Borovo Naselje, Vukovar je izgubio posljednji teoretski prilazni put, a branitelji su fizički razdvojeni na tri dijela, 180 ljudi na Mitnici, nešto vise od 200 ljudi u Borovu Naselju, i oko 120 u središtu grada, a kada ce i ti ostaci grada pasti u njihove ruke bilo je pitanje trena. Sa vojno analitičke točke gledišta apsolutno se slažem, bez obzira što je jačina snaga branitelja dostatna da zaustavi napade na tim pravcima, ali problem je što je bilo previše nebranjenih „džepova“ koji su pružali veliku mogućnost neprijatelju da se bez većeg otpora uklinjavnjem tenkovsko-pješačkim snagama duboko ubaci u prostor branitelja, dok su branitelji streljivo brojili na komade, a stanje protuoklopnih sredstava bio je nula.
Tijekom te noći 16./17. studenoga 1991.g svi branitelji bili su upoznati s odlukom proboja, osim onih koji su bili u Borovu Naselju. Prije odluke o proboju, Borković zapovijeda da se Sajmište pojača ljudima s Mitnice i da se dio prilaza minira. Ta zapovijed na kraju nije izvršena. Navečer počinje okupljanje grupa koje idu iz Vukovara sa Zapovjedništvom. Skupilo se ukupno 36 ljudi, koji u 04,00 kreću za Vinkovce i nakon 24 h dolaze u vinkovačko predgrađe Malu Bosnu. U 17,00 oko 60 policajaca krenulo je u proboj prema Nuštru i Vinkovcima. Dolaskom u Vinkovce, Borković odbija odmor i odlazi za Zagreb te traži uključivanje u borbu. Planirao je formirati 124. brigadu HV i njezine snage ubaciti na teritorij Vukovara. Međutim, povratak u grad bio je nemoguć zbog malo ljudi koji su željeli krenuti u proboj blokade grada.
Izvlačenje iz grada započelo je 16. studenog u večernjim satima, po grupama branitelji iz Borova Naselja i Lužca. 17. studenog Vukovar su napustili ljudi na čelu s Brankom Borkovićem - Mladim Jastrebom. Područje Sajmišta također je započelo s povlačenjem, tu noć u proboj kreće 250 ljudi podijeljenih u 3 grupe koje su se kretale u razmacima od 30 minuta. Izvlačenje je nastavljeno po skupinama i slijedećih dana, pa tako skupine pripadnika obrane Vukovara koje su uspjele proći kroz protivnički raspored nastavile su s dolaskom noću 17. i 18. studenog na prostor Vinkovaca.
Kada je zapovjednik obrane Vukovara napustio grad, još su vođene povremene borbe. U Borovom Naselju, 18. studenog 1991. godine, još se branio „Crni put“ koji vodi do alatnice kombinata Borovo. Dio branitelja u Borovom Naselju i na Mitnici ostao je (bez streljiva), u potpunom okruženju. Matija Mandić, jedan od zapovjednika Mitnice (zapovjednik satnije), poslijepodne 17. studenoga 1991. obilazi bolnicu i Zapovjedništvo obrane Vukovara. Pri povratku na Mitnicu sa potpuno jasnom situacijom i bez streljiva uspostavljeni su pregovori o uvjetima predaje branitelja na Mitnici sa tzv. JNA. Prvo je dogovoren prekid vatre za vrijeme pregovora, a onda i početak pregovora koji je dogovoren za 09,00 s. Za nazočnost na pregovorima bili su pozvani strani novinari i Međunarodni crveni križ. Branitelji Mitnice predali su se kako bi spasili civilno stanovništvo.
U Vukovaru je prestao organizirani otpor hrvatskih branitelja, a Vukovar je postao simbol hrvatskog otpora srpskoj agresiji. To se ujedno označava kao čin i datum 18. studenoga 1991.g. vojnog pada Vukovara, odnosno slažem se sa Antunom Duganom, braniteljem Vukovarakoji kaže, citiram: „Mi u Vukovaru nikada nećemo prihvatiti tezu da je Vukovar pao. Samo je slomljena obrana grada. Isto tako ne mogu prihvatiti da je Vukovar grad heroj. On može biti samo grad heroja.“
Zadnje grupe branitelja su pokušavale proboj ili su se predale 20. studenog 1991.g, i tada je prestao svaki organizirani otpor grada Vukovara i Borovog Naselja. Vjerojatno posljednja skupina od 36 osoba koja je krenula u proboj stigla je u Vinkovce 23. studenoga 1991.g.
Vlada RH uz posredovanje međunarodnih organizacija, odmah su započeli pregovore sa tzv. JNA glede položaja i sudbine zarobljenih civila, ranjenika i branitelja Vukovara. Iako je postignut dogovor o propuštanju civilnog stanovništva Vukovara u slobodne dijelove Hrvatske - nekoliko tisuća odvedeno ih je u logore koji su otvarani u Srbiji.
Hrvatske vlasti, pod optužbom veleizdaje, samovoljnog napuštanja bojišta, nepodnošenja izvješća, pronevjere i drugog, zatvorile su i zlostavljale zapovjednika obrane Vukovara Milu Dedakovića - Jastreba, a zatim i zadnjeg zapovjednika obrane Vukovara Branka Borkovića - mladog Jastreba. U daljnjoj provedbi postupka, ispitivanja svjedoka i utvrđivanja činjenica oba zapovjednika oslobođena su od svih optužbi i vraćeni su u sustav OSRH.
Srbijanske vlasti nisu dozvolile i na sve moguće i različite načine onemogućavali su međunarodnim organizacijama (Crveni križ i dr.) pristup većini ovih koncentracijskih logora razasutih po Srbiji, kršeći pritom sve međunarodne konvencije otkrivanja logora i utvrđivanja broja osoba koje su u njima zatočene. Postojao je veliki broj "privatnih" logora u kojima su zarobljene osobe zvjerski mučene i ubijane. U velikim logorima (koje su predstavnici Crvenog križa locirali i djelomično uspijevaju posjećivati) zarobljenici se neprekidno premještaju i skrivaju, čime se onemogućuje točna evidencija i zaštita logoraša. Zarobljeni Vukovarci, koji su (razmjenom) stigli u Republiku Hrvatsku, opisali su zlostavljanja u logorima - kao i prethodne masovne likvidacije civilnog stanovništva odmah pošto su Srbi zauzeli Vukovar.
Mirna reintegracija hrvatskoga Podunavlja je naziv za proces povratka okupiranih područja istočne Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema u ustavno-pravni poredak Republike Hrvatske. Razdoblje mirne reintegracije, za čije je provođenje Vijeće sigurnosti UN-a ustanovilo posebnu Prijelaznu upravu UN-a u istočnoj Slavoniji (UN Transitional Authority in Eastern Slavonia, odnosno UNTAES), započelo je 15. siječnja 1996.g, a završilo 15. siječnja 1998.g, kada je hrvatsko Podunavlje (odnosno istočna Slavonija, Baranja i zapadni Srijem), konačno vraćeno u sastav Republike Hrvatske. Nakon uspješnog završetka i realizacije ciljeva vojno-redarstvenih operacija Bljesak i Oluja, pod srpskom okupacijom ostao je još jedan, krajnji istočni dio Hrvatske – hrvatsko Podunavlje. Hrvatsko Podunavlje je zbog svoje velike geopolitičke i geostrateške važnosti, kao i zbog prometnog položaja, gospodarskih i ljudskih potencijala bio stalna meta srpske agresije, poprište žestokih sukoba i jedan od važnih srpskih osvajačkih ciljeva, zbog čega je pretrpjelo izrazite velike štete i stradanja, odnosno više od 6000 tisuća ljudi je poginulo i nestalo, stotinjak tisuća je prognano a samo u Vukovaru je materijalna ratna šteta procijenjena na više od 9,5 milijardi kuna.
